سامیت Summit قدرتمندترین ابررایانه جهان به کارزار مبارزه با کروناویروس پیوست.
این ابررایانه با سرعتی بی نظیر، به یافتن پروتئینی مامور شده، که می‌تواند کروناویروس جدید را در روش مرگبار حمله به ریه‌ها ناکام بگذارد.
خانواده کروناویروس با چهار نوع پروتئین (spike (s)،envelope (E)،membrane (M و (nucleocapsid (N به فعالیت های بیماری زای خود مبادرت می کنند.
در این میان پروتئین s به غشای ویروس متصل است و نقشی کلیدی در اتصال و داخل شدن آن به سلول میزبان دارد، به همین سبب ایجاد اختلال در کارکرد این پروتئین به کمک داروها و ترکیبات بازدارنده یک روش پیشرفته برای مبارزه با این نوع ویروس‌ها است.
کووید-۱۹ نیز همچون خانواده کروناویروس ها از پروتئین‌هایی بر روی سطح خود برخوردار است که با فریب دادن آنزیم‌های ACE۲ سلول‌های ریوی وارد سلول شده و عفونت ویروسی ایجاد می‌کنند.
بنابراین یک راه برای متوقف کردن این عفونت، پیدا کردن روشی برای مسدود سازی این پروتئین است تا از چسبیدن آن به سلول‌های بدن جلوگیری به عمل آمده و بدین ترتیب سلول های ریه در امان می مانند.
چسباندن پروتئینی مستعد برای ایجاد اختلال یکی از راههای مسدود کردن پروتئین spike است.
پس از آن کووید-۱۹ شاه کلید خود را از دست داده و امکان ورود به سلول های ریه را از دست می دهد.
اما مشکل اینجاست که پروتئین‌ها در اشکال مختلفی وجود دارند و از میان آنها شاید تنها یک پروتئین خاص است که می‌تواند به پروتئین‌های s کووید-۱۹ به شکلی مخرب بچسبد.
میکلاس اسمیت Micholas Smith از دانشمندان آزمایشگاه ملی اوک ریج Oak Ridge تیمی از محققین برگزیده را با خود همراه کرد تا این روش را با کمک یک غول پردازشگر بیازمایند.
سامیت، ابررایانه ای است که زیر نظر گروه یاد شده، قابلیت های بیش از ۸ هزار ترکیب پروتئینی مختلف را در چسبیدن به پروتئین‌های s شبیه سازی می کند.
این بررسی به ظاهر ساده به قدرت محاسباتی بالایی نیازمند است که با ارجاع آن به یک کامپیوتر قدرتمند و سریع، ماه‌ها به طول خواهد انجامید، اما دانشمندان آزمایشگاه اوک ریج با برخورداری از سرعت پردازش ابررایانه سامیت، این کار را تنها در عرض چند روز انجام دادند.
سامیت تاکنون ۷۷ ترکیب دارویی مولکول کوچک شناسایی کرده است که ارزش مطالعات بعدی را دارند.
سرپرست تیم تحقیقاتی عنوان کرد: «ما ترکیبات یافت شده را با استفاده از سامیت، براساس مجموعه‌ای از استانداردهای مربوط به این که تا چه میزان ممکن است به پروتئین‌های s کووید-۱۹ بچسبند، درجه بندی کردیم.»
در آخر کار پژوهشی وقتی پروتئین مستعد پیدا شود که با شانس موفقیت بالا به پروتئین‌های s کروناویروس جدید بچسبد، می‌توان از آن برای تولید واکسن این بیماری تنفسی که جهان را درگیر کرده است، استفاده کرد.
سامیت Summit قدرتمندترین ابررایانه دنیاست که می‌تواند در هر ثانیه ۲۰۰ میلیون محاسبه انجام دهد
دانشمندان آزمایشگاه اوک ریج نتایج تحقیقات امیدبخش خود را در دانشنامه شیمی ChemRxiv منتشر کردند .
Contact Us
Sara S Shoemaker
shoemakerms@ornl.gov,
۸۶۵٫۵۷۶٫۹۲۱۹
